Die umfangreichsten Ermittlungen in der kolumbianischen Kriminalgeschichte begannen 1998 nach dem Fund eines Kinder-Massengrabes und führten im Jahr darauf eher zufällig zu seiner Festnahme. Gemäß Juan José Cañas und Ángela Tapias in ihrem Buch "En los laberintos mentales de Garavito" wurde er zunächst wegen einer unabhängigen Anklage wegen versuchter Vergewaltigung an einem Zwölfjährigen festgenommen. Doch die Polizei brachte ihn auch mit den zahlreichen vermissten oder getöteten Kindern in Verbindung. Als die Beweislast gegen ihn anstieg, gestand "das Biest" die Ermordung von 140 Kindern. In 138 der ursprünglich 172 untersuchten Fälle wurde er vor Gericht schuldig gesprochen. Obwohl sein ursprüngliches Strafmaß Rekordausmaße erreichte, da das Höchststrafmaß in Kolumbien eigentlich bei 40 Jahren liegt, wurde es später auf 22 Jahre reduziert. Dies geschah, nachdem Garavito der Polizei half, die Leichen der von ihm ermordeten Kinder zu finden.
Unter normalen Umständen wäre Garavitos Haftzeit im Gefängnis von Valledupar noch in diesem Jahr vorbei gewesen, da er zum Jahresende auf Bewährung hätte freigelassen werden können.